La misión de la JAN es contribuir al mejoramiento de la calidad de la educación superior cubana mediante el desarrollo y aplicación de un sistema de evaluación y acreditación de programas e instituciones y sus objetivos son promover, organizar, ejecutar y controlar la política de acreditación para la educación superior del país, así como coordinar los diferentes procesos de evaluación institucional en los centros adscritos al Ministerio de Educación Superior.